臺灣博碩士論文加值系統

本論文的研究就在尋找樟芝過氧化氫酵素（Antrodia camphorata catalase）核酸序列之限制酶圖譜及開啟讀碼框(open reading frames ,ORF)位置，將所得結果以圖形化的方式顯現出來，做為食品基因研究改良的必要基本資料。
所選樟芝過氧化氫酵素核酸序列輸入Jemboss軟體執行後所產生的結果，且經NEBcutter軟體驗證，各限制酶圖譜切點與開啟讀碼框(ORF)的位置均可以預測。
Jemboss軟體中Remap 程式的目的是在 DNA 序列上標出限制酵素切割的位置。若需知道ORF含有起始密碼(start codon)至停止密碼(stop codon)的序列，可利用getorf與plotorf兩程式相輔相成來得知最長的ORF位於那一個frames 上面，亦可以預測轉譯(translation)出的蛋白質，並利用基礎區域排列搜尋工具（Basic Local Alignment Search Tool,BLAST）搜尋蛋白質序列資料庫之比對，找出相似區段的序列。

This study examined the restriction enzyme map and open reading frames（ORF) position of one expression sequence from Antrodia camphorata .The results were presented in graphic forms to provide basic data for the improvement of food genetic research .
The expression sequence from Antrodia camphorata was used as the input information to the Jemboss and NEBcutter softwares, the results from both databases were identical. They helped to predict the restriction enzyme diagram slice and the position of ORF .
The procedure Remap marked the position of enzyme incise on the sequence of DNA in the software of Jemboss. If one would like to predict the ORF between the start codon and the stop codon, one can make use of the getorf and plotorf functions.They could complement each other and help locate the longest ORF within frames , and predict translated protein. Basic Local Alignment Search Tool（ BLAST) was used to search the protein sequence database and found the sequence of similar block.

中文摘要------------------------------------------------1
英文摘要------------------------------------------------2
一、 前言---------------------------------------------3
二、 簡介、研究動機與目的-----------------------------5
三、 文獻整理-----------------------------------------6
3.1. 基因與DNA的簡介-----------------------------------6
3.2. 遺傳密碼-------------------------------------------8
3.3. 概念轉譯（Conceptual translation）-----------------9
3.4. 限制酶（Restriction enzyme）簡介------------------10
3.4.1. 限制性內切酶種類--------------------------------12
3.4.2. 限制性內切酶命名--------------------------------13
3.4.3. 限制性內切酶的作用方式--------------------------13
3.4.4. 限制酶片段的多型性（RFLP：restriction fragment
length polymorphism）---------------------------15
3.5. 樟芝的簡介----------------------------------------16
四、 系統設計理念與建製流程--------------------------17
4.1. 系統設計理念--------------------------------------17
4.2. 系統建製環境--------------------------------------17
4.3. 系統資料庫結構說明--------------------------------19
4.4. 資料庫建立流程------------------------------------19
4.5. 系統執行流程--------------------------------------21
五、 材料與方法--------------------------------------22
（一） 材料--------------------------------------------22
（二） 儀器設備及軟體----------------------------------23
（三） 系統實作方法------------------------------------24
A. JEMBOSS基本應用簡介--------------------------------24
B. 尋找核酸序列之限制酶圖譜及ORF----------------------26
（四） 與BioLabs的NEBcutter之校核比對驗證------------35
（五） JEMBOSS與NEBcutter之比較優缺點與結果討論------36
六、 結論與未來展望----------------------------------39
七、 參考文獻----------------------------------------42






表目錄
表一 標準遺傳基因密碼----------------------------------44
表二 限制酵素所作用的鹼基序列--------------------------45
表三 限制酶資料庫範例----------------------------------46
表四 限制酶基本資料範例--------------------------------47














圖目錄
圖一 去氧核醣核酸（DNA）的遺傳訊息--------------------48
圖二 磷酸雙酯鍵結-------------------------------------49
圖三 兩個鹼基對之間氫鍵所連結-------------------------50
圖四 DNA分子的結構------------------------------------51
圖五 DNA上的轉錄與轉譯--------------------------------52
圖六 限制酶切斷DNA雙股部位---------------------------53
圖七 限制酶形成鈍端與黏端-----------------------------54
圖八 RFLP的流程---------------------------------------55
圖九 樟芝生長牛樟樹幹的中空內部-----------------------56
圖十 限制酶類別關連圖---------------------------------57
圖十一 phpMyAdmin的圖形界面---------------------------58
圖十一之一 建立資料表與欄位---------------------------59
圖十二 系統流程圖-------------------------------------60
圖十三 Jemboss主畫面----------------------------------61
圖十四 Jemboss的檔案管理------------------------------62
圖十五 Remap程式的畫面--------------------------------63
圖十六 樟芝過氧化氫酵素核酸序列鍵入-------------------64
圖十六之一 利用拖曳的方法鍵入-------------------------65
圖十七 required section欄中輸入-----------------------66
圖十八 尋找樟芝過氧化氫酵素所有切位-------------------67
圖十九 列出選擇的酵素切位-----------------------------68
圖二十 參數說明---------------------------------------69
圖二十一 勾選或刪除display的選項---------------------70
圖二十二 Advanced Options的畫面-----------------------71
圖二十三 codon table選項的畫面------------------------72
圖二十四 以remap分析樟芝過氧化氫酵素之限制酶切位圖---75
圖二十五 Plotorf的主畫面------------------------------76
圖二十六 Plotorf圖形方式呈現--------------------------77
圖二十七 將核酸序列copy/paste輸入--------------------78
圖二十八 From local file 用拖曳方式鍵入---------------79
圖二十九 設定Advanced Options的畫面------------------80
圖三十 設定type of output 的畫面----------------------81
圖三十一 設定選項-------------------------------------82
圖三十二 尋找樟芝過氧化氫酵素的Open Reading Frames----84
圖三十三 顯示的getorf畫面----------------------------85
圖三十四 BioLabs限制酶網站NEBcutter程式的畫面--------86
圖三十五 樟芝過氧化氫酵素核酸序列限制酶的切位圖-------87
圖三十六 樟芝過氧化氫酵素核酸序列起始點限制酶圖譜-----88
圖三十七 樟芝過氧化氫酵素核酸序列終止點限制酶圖譜-----89
圖三十八 ORF Summary的畫面----------------------------90
圖三十九 顯示樟芝過氧化氫酵素的蛋白質序列-------------91
圖四十 BLAST的畫面------------------------------------92
圖四十一 BLAST的搜尋結果------------------------------93
圖四十二 BLAST的輸出格式------------------------------94
圖四十三 區域排列-------------------------------------95
圖四十四 登錄號的資料顯示-----------------------------96

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