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電腦軟體相關發明（又稱軟體專利）是否可予專利保護？又倘給予其專利保護，則應如何建立合理的審查標準？電腦軟體因其本質上係由數學公式、演算法、人類心智活動等不予專利保護之抽象概念所組成；如輕易給予其專利保護，反而可能帶來負面影響而悖於專利目的。而美國在State Street Bank v. Signature Financial案採用較為寬鬆的「有用、具體暨有形測試法」認定發明之專利適格性後，美國專利商標局核准大量的軟體專利，進而導致劣質專利過於浮濫、「專利流氓」及「專利叢林」等問題，使美國法院不得不再省思電腦軟體相關發明於專利法上之保護是否應更加謹慎，並思考如何適度保護軟體專利、劃定抽象概念範圍，以及為其建立合適的專利適格性檢驗標準，以在保護發明人之私益與使他人得自由發明之公益間取得平衡，達到鼓勵發明、促進技術及產業發展之專利目的。
西元（下同）2014年6月19日美國聯邦最高法院之Alice Corp v. CLS Bank Int''l案（下稱Alice案）判決建立一套專利適格性審查流程「二步驟檢驗架構」，以區別專利請求項之範圍係自然法則、自然現象或抽象概念（司法例外）本身，或係屬上述司法例外之應用而具專利適格性：第一步驟，是否指向上述司法例外；如是，則進入第二步驟，考量專利請求項是否符合「顯著超過」概念；該二步驟即屬於尋找發明概念，也就是請求項中之元件、要素或元件、要素之組合須使該發明的內容「顯著超過」上述不具專利適格性之司法例外本身；電腦軟體相關發明常被認為涉及抽象概念，Alice案判決指出有二個因素可協助判斷是否符合「顯著超過」概念：1.該發明是有一新且獨特的想法，且非屬於不使用電腦亦得以人工完成之單純自動化作業；2.該發明是否精進、提升技術。而在Alice案判決後，美國專利商標局隨即於同年6月25日發布如何應用該案之審查指令，並依據Alice案之觀點撤銷許多關於電腦軟體相關發明的專利或駁回類似之申請案；在一個半月內，美國專利商標局依據Alice案之觀點撤回830件已核准專利之申請案；而在一年後應用Alice案判決之審查單位，包括專利審判暨上訴委員會、地方法院及美國聯邦巡迴上訴法院，共有272件涉及電腦軟體相發明之案例，總計有345個專利或專利申請案，其中有286個被認定無效，無效比例高達82.9％；以上數據顯示在Alice案判決後，在美國之專利審查及司法實務上，確有受到一定程度之影響。因此，Alice案對於電腦軟體相關發明專利適格性之爭議及發展具有舉足輕重的地位，該案也被認為是2014年中最具代表性之美國聯邦最高法院判決。
鑒於我國專利法多參考美國專利法制之發展而作更動，且我國電腦軟體相關產業在美國上亦有申請專利之需求，故本文將探討Alice案之判決、該判決之後續影響、我國專利法相關議題之發展等，並依循電腦軟體相關發明專利適格性之發展趨勢提出若干申請專利時之建議，以供專利申請人參考。

Whether software related inventions should be protected by patents is debatable. If the answer is positive, how to establish a reasonable standard of determination? Computer software is essentially composed of mathematical formula, algorithms, and human mental activity which fall into patent ineligible abstract idea or principle. Providing patent protection to computer software could bring a negative impact to society. This is contradict to the purpose of patent system. After the State Street Bank v. Signature Financial decision, the Court of Appeals for the Federal Circuit adopted the “useful, concrete, and tangible result test” and the United States Patent and Trademark Office granted thousands of software patents and lead to many bad quality patents were issued, patent troll, patent thicket, etc. The U.S court have to ponder over the issues that and software related inventions be mindfully protected by patent. Consider how to protect software patents correctly, set the scope of abstract idea, and establish proper standard of patent eligibility test. It have to strike the balance between protecting inventors and not granting monopolies over procedures that others would discover by independent, creative application of general principles, and achieve patent''s purpose that encourage invention and promote technology and industry development.
The 2014 Supreme Court Alice v. CLS Bank decision set forth a two-step framework to determine the patent eligibility. The framework is used to distinguish patents that claim laws of nature, natural phenomena, and abstract ideas from those that claim patent-eligible applications of those concepts. The first step, is to determine whether the invention covers an judicially recognized exceptions and Secondly, is to determine whether the invention adds “significantly more”. The courts have described step two of this analysis as a search for an “inventive concept” i.e., an element or combination of elements that is sufficient to ensure that the patent in practice amounts to significantly more than a patent upon the judicially recognized exceptions itself. While a software patent will usually be deemed as covering an abstract idea, there are three factors that will help determine whether the invention adds significantly more: (a) whether the patent is directed toward a new and unique idea and not simply automating what others have accomplished without the use of a computer, and (b) whether it serves to advance technology. After the Alice’s decision, The USPTO released a guidance memorandum to the Examining Corps instructing how to implement the Alice standard on June 25, 2014. Following Alice, 830 patent applications were withdrawn from the USPTO between July 1 and August 15, 2014. One year since its issuance, the Alice decision has been applied by the PTAB, district courts, and the Federal Circuit to invalidate or reject software-based patent claims resulting in a total of 286 invalidations out of 345 patents or patent applications. With few decisions upholding patent-eligibility, the post-Alice trend has been overwhelmingly against software-based patent claims with an average invalidation rate of 82.9%. The statistics illustrate Alice effects American experiences and plays an important role in patent eligibility for software related inventions. Alice is also considered to be the most representative of the Supreme Court of the United States in 2014.
Given that the change of Taiwan''s patent law usually refer to the development of American experiences and Taiwan''s software related industry have need for patent application in the United State. This article review Alice’s decision, the effect of Alice, the development of Taiwan''s software related inventions and provide some recommendations for future software patent applicants according to the development trend of patent eligibility for software related inventions.

第一章 緒論 1
第一節 研究動機與目的 1
第二節 文獻回顧 6
第三節 研究範圍與限制 13
第四節 研究方法 13
第五節 論文架構 14
第二章 美國發明專利適格性 17
第一節 專利基本概念 17
第一項 專利制度本旨 17
第二項 發明及專利適格性 21
第二節 可予發明專利保護客體 25
第一項 方法發明 25
第二項 物之發明 27
第三節 不予發明專利保護客體 28
第一項 自然現象及自然產物 29
第二項 自然法則 31
第三項 抽象概念 31
第四節 小結 32
第三章 電腦軟體暨相關發明與專利保護 35
第一節 電腦軟體 35
第一項 電腦軟體之概念 35
第二項 電腦軟體相關發明之概念 41
第二節 電腦軟體、商業方法及電腦軟體相關發明等概念之區辨 43
第三節 賦予電腦軟體專利保護之利弊 44
第一項 正面益處 45
第二項 負面影響 45
第四節 小結 47
第四章 美國法院就電腦軟體相關發明專利適格性判斷標準之沿革 49
第一節 早期－無一致判斷標準（1972年至1981年） 49
第一項 Gottschalk v. Benson 49
第二項 Parker v. Flook 50
第三項 Diamond v. Diehr 51
第二節 FWA二步測試法（1978年至1994年） 52
第三節 有用、具體暨有形測試法（1994年至2008年） 53
第四節 機器或轉換測試法（2008年至2012年） 55
第一項 In re Bilski 55
第二項 Bilski v. Kappos 57
第五節 顯著超過卅發明概念測試法（2012年以後） 58
第六節 小結 60
第五章 美國Alice v. CLS Bank案 65
第一節 地方法院判決 66
第一項 事實背景及系爭專利 67
第二項 判決理由及相關爭議 69
第二節 2012年7月美國聯邦巡迴上訴法院判決 71
第一項 判決理由 72
第二項 不同意見書 73
第三節 2013年5月美國聯邦巡迴上訴法院全院聯席判決 74
第一項 判決理由 75
第二項 Moore與Rader法官之不同意見書 76
第三項 Newman法官之不同意見書 77
第四節 美國聯邦最高法院判決 78
第一項 專利適格性判斷的基本原則及流程 78
第二項 系爭專利是否導向抽象概念 79
第三項 系爭專利是否通過顯著超過之檢驗 80
第五節 本案評析 81
第一項 歷審判決分析及運用之案例原則 81
第二項 爭議之起源 83
第三項 顯著超過卅發明概念測試法之實質內涵 85
第六節 小結 89
第六章 Alice案對美國專利實務之影響 93
第一節 美國專利商標局之因應措施 93
第一項 Alice案初步審查指令及2014年專利適格性審查指南 94
第二項 2015年專利適格性審查指南更新 98
第三項 2016年專利適格性審查指南更新 101
第二節 對美國專利訴訟之影響 103
第一項 Ultramercial Inc. v. Hulu LLC 104
第二項 DDR Holdings, LLC v. Hotels.COM, L.P 107
第三項 Enfish, LLC v. Microsoft Corp. 110
第四項 評析 111
第三節 對產業之影響 113
第一項 相關專利申請、審查之數據統計 113
第二項 相關司法判決之數據統計 116
第三項 未來趨勢 117
第四節 小結 119
第七章 我國電腦軟體相關發明之專利適格性 121
第一節 發明定義 121
第一項 專利法第21條規定 121
第二項 不符發明定義之類型 122
第二節 電腦軟體相關發明審查基準 124
第一項 2008年版電腦軟體相關發明審查基準 124
第二項 2014年版電腦軟體相關發明審查基準 126
第三項 評析 129
第三節 電腦軟體相關發明之專利判決 133
第一項 智慧財產法院101年民專上更（二）字第5號民事判決 133
第二項 智慧財產法院102年民專上第25號民事判決 134
第三項 評析 136
第四節 我國法與美國法之比較及建議 137
第一項 我國與美國審查實務之異同 137
第二項 撰寫電腦軟體相關發明之專利申請書的建議 140
第五節 小結 142
第八章 結論 145
參考文獻 151
附錄 165

壹、中文文獻（按作者姓氏筆劃排序）
一、專書
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12.經濟部智慧財產局，專利審查基準彙編，第2編第12章電腦軟體相關發明（2014年版），網址http://www.tipo.gov.tw/ct.asp?xItem=505462&ctNode=7127&mp=1（最後瀏覽日：2016年4月15日）。
13.經濟部智慧財產局，專利審查基準彙編，第2編第12章電腦軟體相關發明公告劃線版（包括2008年版及2014年版之內容），網址http://www.tipo.gov.tw/ct.asp?xItem=505462&ctNode=7127&mp=1（最後瀏覽日：2016年4月15日）。
六、法院判決
1.智慧財產法院100年民專上更（一）字第5號民事判決。
2.智慧財產法院101年民專上更（二）字第5號民事判決。
3.智慧財產法院102年民專上第25號民事判決。

貳、外文文獻（按作者字母順序排序）
一、Books
1.AREZZO, EMANUELA & GHIDINI, GUSTAVO, BIOTECHNOLOGY AND SOFTWARE PATENT LAW (2012).
2.CAMERON, DONALD M. & MACKENDRICK, R. SCOTT, PATENTS FOR COMPUTER-IMPLEMENTED INVENTIONS AND BUSINESS METHODS (2015).
3.GRUBB, PHILIP W. & THOMSEN, PETER R., PATENTS FOR CHEMICALS, PHARMACEUTICALS, AND BIOTECHNOLOGY (2010).
4.KIEFF, F. SCOTT, NEWMAN, PAULINE, SCHWARTZ, HERBERT F. & SMITH, HENRY E., PRINCIPLE OF PATENT LAW (2013).
5.MERGES, ROBERT P. & GINSBURG, JANE C., FOUNDATIONS OF INTELLECTUAL PROPERTY (2004).
6.REED, CHRIS & ANGEL, JOHN, COMPUTER LAW (2007).
二、Journal
1.Bessen, James, A Generation of Software Patents, 18 B.U. J. SCI. &TECH. L. 241 (2012).
2.Durham, Alan L., Two Models of Unpatentable Subject Matter, 31 SANTA CLARA HIGH TECH. L.J. 251 (2015).
3.Fermoyle, Kelly, Adapting Alice: How to Formulate a Repeatable Test Based on Alice v. CLS Bank, 6 CYBARIS AN INTELL. PROP. L. REV. 201 (2015).
4.Karakashian, Sona, A Software Patent War: The Effects of Patent Trolls on Srartup Companies, Innovation, and Enterpreneurship, 11 HASTINGS BUS. L.J. 119(2015).
5.Knapp, Tiffany Marie, Ultramercial III: The Federal Circuit''s Long Lesson, 49 NEW ENG. L. REV. 723 (2015).
6.Le Coz, Tristan Gray & Duan, Charles, Apply It to the USPTO: Review of the Implementation of Alice v. CLS Bank in Patent Examination, 2014 PATENTLY-O PATENT L.J. 1 (2014).
7.Lu, Jack, Patent Portfolio Valuation as Reflected by Market Transactions: Market Dynamics and The Impact of AIA and Alice, 50 LES NOUVELLES 147 (2015).
8.McKinney, David, Alice: Tumbling Down The Rabbit Hole of Software Patent Eligibility, 84 UMKC L. REV. 261 (2015).
9.Patrick, Mark, The Fedreral Circuit and Ultramercial: Software and Business Method Patents Tumble Further Down The Rabbit Hole, 64 AM. U. L. REV. 1089 (2015).
10.Roumiantseva, Dina, The Eye of the Storm: Software Patents and the Abstract Idea Doctrine in CLS Bank V. ALICE, 28 BERKELEY TECH. L.J. 569 (2013).
11.Roux, Jeremy D., The Supreme Court and §101 Jurisprudence: Reconciling Subject-matter Patentability Standards and The Abstract Idea Exception, 2014 U.ILL.L.REV. 629(2014).
12.Rowe, Kirk D., Why Pay for What''s Free: Minimizing the Patent Threat to Free and Open Source Software, 7 J. MARSHALL REV. INTELL. PROP. L. 607 (2008).
13.Sinatra, Maria R., Do Abstract Ideas Have The Need, The Need for Speed?: An examination of Abstract Ideas after Alice, 84 FORDHAM L. REV. 847 (2015).
14.Smalley, Laura W., Will Nanotechnology Products be Impacted by The Federal Courts'' “Product of Nature” Exception to Subject-matter Eligibility under 35 U.S.C. 101?, 13 J. MARSHALL REV. INTELL. PROP. L. 400 (2014).
15.Smith, Jared A. & Transier, Nicholas R., Trolling for An NPE Solution, 7 HASTINGS SCI. & TECH. L.J. 216(2015.)
16.Taylor, Daniel, Down The Rabbit Hole: Who Will Stand Up for Software Patents after Alice?, 68 ME. L. REV. 217 (2016).
17.The United States Patent and Trademark Office, 2014 Interim Guidance on Patent Subject Matter Eligibility, 79 FED. REG. 74618(2014).
18.Tran, Jasper L., Software Patents: A One-Year Review of Alice v. CLS Bank, 97 J. PAT. & TRADEMARK OFF. SOC’Y 532(2015).
19.United States Patent and Trademark Office, 2014 Interim Guidance On Patent Subject Matter Eligibility, 79 FED. REG. 74618 (Dec. 16, 2014).
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三、Internet Source
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5.Lee, Timothy B., New Zealand just abolished software patents. Here’s why we should, too, available at http://www.washingtonpost.com/blogs/the-switch/wp/2013/08/29/new-zealand-just-abolished-software-patents-heres-why-we-should-too/ (last visited 2015/2/3) .
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7.Nowotarski, Mark, Growth of software patents in US , available at http://commons.wikimedia.org/wiki/File:Software_patents2.JPG (last visited 2015/2/3) .
8.Sachs, Robert R., AliceStorm in June: A Deeper Dive into Court Trends, and New Data on Alice inside The USPTO, Bilski Blog, available at http://www.bilskiblog.com/blog/2015/06/alicestorm-a-deeper-dive-into-court-trends-and-new-data-on-alice-inside-the-uspto.html (last visited 2015/4/4) .
9.The Law Dictionary-Featuring Black''s Law Dictionary Free Online Legal Dictionary 2nd Ed., available at http://thelawdictionary.org/invention/ (last visited 2015/11/21).
10.The United States Patent and Trademark Office, 2014 Procedure For Subject Matter Eligibility Analysis Of Claims Reciting Or Involving Laws Of NaturelNatural Principles, Natural Phenomena, And/Or Natural Products, available at http://www.uspto.gov/patents/law/exam/myriad-mayo_guidance.pdf ( last visited 2016/3/20 )
11.The United States Patent and Trademark Office, 2015 Performance and Accountability Report, available at http://www.uspto.gov/sites/default/files/documents/USPTOFY15PAR.pdf ( last visited 2016/4/2 ) .
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13.The United States Patent and Trademark Office, Examination Guidance and Training Materials, available at http://www.uspto.gov/patents/law/exam/examguide.jsp (last visited 2015/1/20) .
14.The United States Patent and Trademark Office, July 2015 Update Appendix 1: Examples, available at http://www.uspto.gov/patent/laws-and-regulations/examination-policy/2014-interim-guidance-subject-matter-eligibility-0 ( last visited 2016/3/20 ).
15.The United States Patent and Trademark Office, July 2015 Update Appendix 3: Subject Matter Eligibility Court Decisions, available at http://www.uspto.gov/patent/laws-and-regulations/examination-policy/2014-interim-guidance-subject-matter-eligibility-0 ( last visited 2016/3/20 ).
16.The United States Patent and Trademark Office, July 2015 Update: Subject Matter Eligibility, available at http://www.uspto.gov/patent/laws-and-regulations/examination-policy/2014-interim-guidance-subject-matter-eligibility-0 ( last visited 2016/3/20 ).
17.The United States Patent and Trademark Office, July 2015 Update: Interim Eligibility Guidance Quick Reference Sheet, available at http://www.uspto.gov/patent/laws-and-regulations/examination-policy/2014-interim-guidance-subject-matter-eligibility-0 ( last visited 2016/3/20 ).
18.The United States Patent and Trademark Office, May 2016 Update: Subject Matter Eligibility, available at http://www.uspto.gov/sites/default/files/documents/ieg-may-2016-fr.pdf ( last visited 2016/5/10 ).
19.The United States Patent and Trademark Office, Memorandum-Formulating a Subject Matter Eligibility Rejection and Evaluating the Applicant''s Response to a Subject Matter Eligibility Rejection, available at http://www.uspto.gov/sites/default/files/documents/ieg-may-2016-memo.pdf ( last visited 2016/5/10 ).
20.The United States Patent and Trademark Office, Memorandum - Recent Subject Matter Eligibility Decisions (Enfish, LLC v. Microsoft Corp. and TLI Communications LLC v. A.V. Automative, LLC), available at http://www.uspto.gov/patent/laws-and-regulations/examination-policy/2014-interim-guidance-subject-matter-eligibility-0 (last visited 2016/6/25 ).
21.The United States Patent and Trademark Office, Preliminary Examination Instructions in view of the Supreme Court Decision in Alice Corporation Pty. Ltd. v. CLS Bank International, et. al., available at http://www.uspto.gov/sites/default/files/patents/announce/alice_pec_25jun2014.pdf ( last visited 2016/2/25 )
22.World Intellectual Property Organization, Expert Group on The Legal Protection of Computer Software, available at http://www.wipo.int/mdocsarchives/LPCS_I_79/LPCS_I_2_E.pdf (last visited 2015/12/9).
23.World Intellectual Property Organization, WIPO IP Facts & Figures, available at http://www.wipo.int/edocs/pubdocs/en/wipo_pub_943_2014.pdf (last visited 2015/3/25).
四、Cases
1.Alice Corp v. CLS Bank Int''l, 573 U.S. ; 134 S. Ct. 2347 (2014).
2.American Fruit Growers, Inc. v. Brodex Co., 283 U.S. 1, 11 (1931).
3.Application of Ferdinand J. Ratti, 270 F.2d 810 (C.C.P.A. 1959).
4.Association for Molecular Pathology v. Myriad Genetics, 569 U.S. ; 133 S. Ct 2107 (2013).
5.Bilski v. Kappos, 561 U.S. 593 (2010).
6.Burr v. Duryee, 68 U.S. (1 Wall.) 531 (1863).
7.buySAFE, Inc. v. Google, 765 F.3d 1350 (Fed. Cir. 2014).
8.CLS Bank Int’l v. Alice Corp., 685 F.3d 1341, 1343 (Fed. Cir. 2012).
9.CLS Bank Int’l v. Alice Corp., 717 F.3d 1269 (Fed. Cir. 2013)(en banc).
10.CLS Bank Int’l v. Alice Corp., 768 F.Supp.2d 221,228 (D.D.C. 2011).
11.Cochrane v. Deener, 94 U. S. 780 (1877).
12.Corning v. Burden, 56 U.S. 252 (1854).
13.Cyberfone Sys. v. CNN Interactive Grp., 558 Fed. Appx. 988 (Fed. Cir. 2014) (nonprecedential).
14.CyberSource Corp. v. Retail Decisions, Inc., 654 F. 3d 1366 (Fed. Cir. 2011).
15.DDR Holdings, LLC v. Hotels.com, L.P., 773 F. 3d 1245(Fed. Cir. 2014)
16.Dealertrack, Inc. v. Huber, 674 F. 3d 1315 (Fed. Cir. 2012).
17.Diamond v. Chakrabarty, 447 U.S. 303 (1980).
18.Diamond v. Diehr, 450 U.S. 175 (1981).
19.Digitech Image Tech., LLC v. Electronics for Imaging, Inc., 758 F.3d 1344 (Fed. Cir. 2014).
20.Enfish, LLC v. Microsoft Corp., F.3d (Fed. Cir. 2016).
21.Ex Parte Turner, Decisions of the Commissionner of Patents, C.D. 36 (1894).
22.Funk Brothers Seed Co. v. Kalo Inoculant Co., 333 U.S. 127 (1948).
23.Gottschalk v. Benson, 409 U.S. 63 (1972).
24.In re Abele, 684 F.2d 902 (C.C.P.A. 1982).
25.In re Abrams, 188 F.2d 165 (C.C.P.A. 1951).
26.In re Alappat, 33 F.3d 1526 (Fed. Cir. 1994).
27.In re Bilski, 545 F.3d 943 (Fed. Cir. 2008).
28.In re Cortright, 165 F.3d 1353(Fed. Cir. 1999).
29.In re Freeman, 573 F.2d 1237 (C.C.P.A. 1978).
30.In re Waler, 618 F.2d 758 (C.C.P.A. 1980).
31.Mackay Radio & Tel. Co. v. Radio Corp. of Am., 306 U.S. 86 (1939).
32.Mayo v. Prometheus, 566 U.S. ; 132 S. Ct. 1289 (2012).
33.Parker v. Flook, 437 U.S.584 (1978).
34.Planet Bingo, LLC v. VKGS LLC, 576 Fed. Appx. 1005 (Fed. Cir. 2014)(nonprecedential).
35.Schering Corporation v. Gilbert, 153 F.2d 428 (2d Cir. 1946).
36.Shell Development. Co. v. Watson, 149 F. Supp. 279, 280 (D.C. 1957 ).
37.SmartGene, Inc. v. Advanced Biological Labs., SA, 555 Fed. Appx. 950 (Fed. Cir. 2014) (nonprecedential).
38.State Street Bank v. Signature Financial, 149 F.3d 1368 (Fed. Cir. 1998).
39.T 258/03Auction method/HITACHI, [2004].
40.TLI Communications v. AV Automotive, F.3d (Fed. Cir. 2016).
41.Ultramercial, Inc. v. Hulu, LLC, 657 F. 3d 1323, 1328 (Fed. Cir. 2011).
42.Ultramercial, Inc. v. Hulu, LLC, 722 F. 3d 1335, 1350 (Fed. Cir. 2013).
43.Ultramercial, LLC v. Hulu, LLC and Wildtangent, Inc., 772 F.3d 709 (Fed. Cir. 2014).
44.Union Sugar Ref. v. Matthiesson14 F. Cas. 686 (D. Mass. 1865).
45.WildTangent, Inc. v. Ultramercial, LLC, 132 S. Ct. 2431 (2012).
46.William Mfg. Co. v. United Shoe Mach. Corp., 121 F.2d 273 (6th Cir. 1941).